龍馬來到船宿寺田屋，見到酷似亡母阿幸的老板娘登勢立刻決定住在這里，他說自己準備去神戶學習駕船和戰術，登勢希望他能加油，為日本的未來好好努力。此時，龍馬心中的一盞燈仿佛被點亮了一般，他回到神戶操練所，和大家一起投入訓練。長州藩自八月十八日政變后被趕出京城，又在池田屋事件中失去了許多同伴，他們終于決定奮起反抗。久坂打算進攻天皇的御所，桂不同意，否則長州會變成朝敵。元治元年七月，長州為了奪回天皇進軍京城，與會津藩戰斗，這就是后來的蛤御門之變。長州和幕府開戰后京城陷入戰火之中。長州深信只要控制天皇就能成為官軍，但是薩摩藩卻撕碎他們美夢。在海軍操練所學習的龍馬也得知了戰事，他親自到京城看了戰況，戰爭帶來的悲劇讓他不知所措，他在戰火紛飛中遇到了發誓報仇的桂小五郎(谷原章介 飾)，還把阿龍救出交給登勢照顧。幕府內部也起了分歧，一橋慶喜認為應徹底肅清長州，而勝麟太郎則認為應避免內戰，而他的職位和操練所都因此受到威脅。